经查,该机构存在部分患者上传到医保系统结算的检验项目与实际所做检验项目情况不一致、检验项目存在多收费，上传到医保系统的检验项目结算数据明细与对账单明细不一致等违规问题。

依据《中华人民共和国行政处罚法》、《医疗保障基金使用监督管理条例》以及《医疗保障行政处罚程序暂行规定》，对南陵燕舞血液透析有限公司处：1.责令改正上述违法行为；2.责令退回医保基金损失金额3025.71元；3.处医保基金损失金额之1.5倍罚款4538.57元。